Desde as primeiras etapas da colonização do Brasil a Mata Atlântica tem passado por uma série de fases de conversão de florestas naturais para outros usos, cujo resultado final observa-se nas paisagens hoje fortemente dominadas pelo homem. A maior parte dos ecossistemas naturais foram eliminados ao longo de diversos ciclos desenvolvimentistas, nem sempre bem planejados, resultando na destruição de habitats extremamente ricos em recursos biológicos . A Mata Atlântica foi tradicionalmente a principal fonte de produtos agrícolas para populações litorâneas e atualmente abriga os maiores pólos industriais e silviculturais do Brasil, além dos mais importantes aglomerados urbanos de todo o país.
A dinâmica da destruição foi mais acentuada durante as últimas décadas, embora já tenha sido estabelecida desde o Século XIX, resultando em alterações severas o suficiente para que os resultados danosos já fossem notados. A vasta maioria dos animais e plantas ameaçados de extinção no Brasil estão representados nesse bioma e, das sete espécies brasileiras consideradas extintas em tempos recentes, todas encontravam-se distribuídas na Mata Atlântica.
A Mata Atlântica significa também abrigo para várias populações tradicionais. A maior parte das nações indígenas que subsistem está em situação precária, em terras progressivamente ameaçadas por interesses diversos. Outro aspecto primordial são os recursos hídricos que nascem ou cortam a Mata Atlântica.