O Sistema Nacional de Unidades de Conservação – SNUC apresenta em sua estrutura a definição de áreas protegidas, compreendidas pelas “áreas de terra e/ou mar especialmente dedicadas à proteção e manutenção da diversidade biológica, e de seus recursos naturais e culturais associados, manejadas por meio de instrumentos legais ou outros meios efetivos.”
Destacam-se dentre as áreas protegidas as Unidades de Conservação, ou simplesmente UCs, que, por definição, são “espaços territoriais (incluindo seus recursos ambientais e as águas jurisdicionais) com características naturais relevantes, legalmente instituídos pelo Poder Público, com objetivos de conservação e com limites definidos, sob regime especial de administração, às quais se aplicam com garantias adequadas de proteção.”
As Unidades de Conservação são divididas em Unidades de Proteção Integral e Unidades de Uso Sustentável. Nas Unidades de Uso Sustentável é possível compatibilizar a conservação da natureza com o uso de parcela dos seus recursos naturais. Dentre as Unidades de Uso Sustentável localizadas em Angra dos Reis destaca-se a Área de Proteção Ambiental de Tamoios (APA-TAMOIOS), criada em 1982 com o objetivo de assegurar a proteção do ambiente natural, das paisagens de grande beleza cênica e dos sistemas geo-hidrológicos da região, que abrigam espécies biológicas raras e ameaçadas de extinção, bem como comunidades caiçaras integradas naqueles ecossistemas.
Nas Unidades de Proteção Integral o objetivo básico é o de preservar a natureza, sendo admitido apenas o uso indireto dos seus recursos naturais, ou seja, atividades educacionais, científicas e recreativas.
 Esse grupo divide-se nas seguintes categorias de unidade de conservação: Estação Ecológica, Reserva Biológica, Parque, entre outras.