  Com
base na história climatológica e em estudos da distribuição da fauna
local, demonstra-se que o segmento da Serra do Mar localizado entre
Mangaratiba e São Sebastião (SP) é um refúgio plêistocênico, cujo
clima e vegetação mantiveram-se inalterados durante mais de cinco
milhões de anos. Por isso, a região apresenta um dos maiores índices
de biodiversidade de toda a Mata Atlântica, e um dos maiores graus
de endemismos do Brasil.
Nas Planícies
Litorâneas também se estende um tipo da Floresta Ombrófila
Densa conhecida como Floresta de Terras Baixas. Paralelamente, ocorrem
as Áreas de Formação Pioneiras, que compreendem
a vegetação de primeira ocupação, instalada
sobre as áreas onde os solos são incessantemente submetidos
à influência marinha, fluvial e fluviomarinha. Correspondem
à vegetação das restingas (arbórea e herbácea
sobre dunas e cordões litorâneos), dos ambientes de acumulação
dos cursos d’água, sujeitos a inundações
periódicas (vegetação herbácea) e dos
mangues (fisionomia arbórea ou herbácea), respectivamente.
As restingas são de pequena abrangência, pois os cordões
arenosos ocupam áreas estreitas e de curta extensão.
Os manguezais se constituem em importantes ecossistemas de transição.
Estendem-se principalmente, próximos à desembocadura
dos rios e vales fluviais, principalmente dos rios Bracuí e
Ariró-Jurumirim, onde se dão as maiores áreas
contínuas de manguezal no município.
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