A região foi também rota do ouro que vinha da Minas Gerais e era embarcado para Europa, em Paraty e Angra dos Reis. Um dos galeões de madeira que está sendo pesquisado atualmente naufragou por volta de 1500 e consta nos registros históricos que, quando os portugueses vinham buscar índios, um deles, o índio Cunhambebe, encheu várias canoas de palha e incendiou o galeão, levando-o ao fundo. Ele está naufragado próximo a Enseada do Abraão, na Ilha Grande, onde muitos outros galeões estão afundados, alguns com até quatro metros de areia por cima.
No princípio do século XX, Jacuecanga foi novamente procurada para sediar uma grande base naval e o novo Arsenal da Marinha de Guerra do Brasil. Resolveu o Governo da União mandar uma pequena força naval ao local para proceder às devidas sondagens e estudos. Eram três navios: o encouraçado “Aquidabã”, e os cruzadores “Barroso” e “Tiradentes”. Todos os três saíram do Rio de Janeiro na manhã do dia 20 de janeiro de 1906, chegando à Jacuecanga na tarde do mesmo dia. O encouraçado “Aquidabã”, Capitânea da Esquadra Brasileira, transportava, além da tripulação oficial, engenheiros, técnicos, construtores navais e muitas autoridades. Às 22:00h do dia 21 de janeiro, ocorreu uma grande explosão à bordo do Aquidabã, seguida de outras menores, levando o encouraçado a afundar, carregando consigo 200 homens em seu tumulo de aço. A explosão detonou igualmente a idéia da Marinha de ali erguer sua base naval. Hoje o Aquidabã repousa no fundo da baía, recoberto de corais e serve de habitat de inúmeras espécies de peixes raros. Uma arma criada para a morte, acabou, por outras contingências, abrigando a vida. Um monumento aos mortos erguido no litoral angrense lembra a maior tragédia naval brasileira.